
修饰的核苷三磷酸应用:SELEX工艺概述
TriLink 改性三磷酸核苷的广泛选择为研究人员提供了许多新颖的方法来探索通常用于药物发现的现有技术。一个例子是SELEX(š ystematic Ë的旋涡大号由igands 例 ponential富集)显影的寡核苷酸适体的过程。SELEX工艺允许同时筛选1 x 10 15针对目标靶标(例如蛋白质)的不同寡核苷酸。SELEX的主要目标是从原始文库中识别与目标结合的适体的一小部分(1)。三个独立的实验室同时致力于这项技术的开发:科罗拉多大学博尔德分校的Larry Gold和Craig Tuerk,麻省总医院的Jack Szostak和Andy Ellington,以及加利福尼亚州拉霍亚的斯克里普斯研究所的Gerald Joyce(2) 。科罗拉多集团于1993年获得了专利。
适体一词来自希腊语“ aptus”,意为“适合”(3)。适体是寡核苷酸配体,通常长度为15-60个碱基。与核酸的标准识别机制相反,它通过构象识别与目标靶标结合:碱基通过氢键结合到另一条核酸链上。寡核苷酸通常表示为线性序列,但实际上它们折叠成特定的构象。正是这些形状允许适体与其靶标(4)之间的锁键配合。如上所述,SELEX的最终目标是找到与靶分子活性位点结合的适体。
适体的优势
- 直接合成
- 易于修饰以增加对核酸内切酶的抵抗力
- 有利的毒性特征
- 比单克隆抗体更高的稳定性
- 可用作治疗剂
- 高度具体;可以区分密切相关的蛋白质(1)
SELEX过程
- 定义目标分子。(目标分子可以是蛋白质,小分子或超分子结构。)
- 创建随机寡核苷酸(〜1 x 10 15个寡核苷酸)的“文库” DNA的随机库通常在每个寡核苷酸的末端具有引物结合位点,并且在两个碱基之间具有摆动碱基。这提供了一种有效的方法来查找和PCR扩增与靶分子结合的寡核苷酸。
- 将寡核苷酸“文库”暴露于目标分子。文库中的这些寡核苷酸中的一些会与靶标结合,然后被认为是适体。
- 非结合寡核苷酸与结合寡核苷酸分离。结合的那些被扩增,然后经历几个额外的选择循环。
- 通过该过程,高亲和力结合分子的数量从数万亿减少到了很少。
- 使用修饰的三磷酸核苷对单个适体进行分离,测序和纯化。例如,2'-Fluoro-dCTP(TriLink目录号N-1008)和2'-Fluoro-dUTP(TriLink目录号N-1010)通常用于修饰适体。这些修饰类型提高了适体的稳定性,使其对核酸内切酶降解的抵抗力增强(1)。
吉利德目前拥有SELEX技术的专利权,并已将其授权给Archemix,后者正在使用该技术开发适体的药物应用。Archemix已经获得分许可这项技术NOXXON,谁在使用它为自己的镜体的发展®技术。
SomaLogic是由最初的发明者之一拉里·戈德(Larry Gold)创立的公司,已开发了自己的技术,称为PhotoSELEX。该技术涉及光适体,其使用5-溴-2'-脱氧尿苷-5'-三磷酸酯(Br-dU)(TriLink目录号N-2008)残基代替标准的胸苷。除了构象结合,在适体的Br-dU残基和靶标上的酪氨酸氨基酸之间也存在共价键。Br-dU寡核苷酸暴露于辐射中,处于正确构象的寡核苷酸将共价交联至靶分子上的特定位点。那些没有交联的那些被洗掉,而剩下的那些被PCR扩增。将这些光适体放入阵列中,以便可以同时测试大量蛋白质(4)。
SELEX只是可用于修饰的三磷酸核苷的众多应用之一。TriLink提供了多种可用于研究目的的修饰的三磷酸核苷。